Am Ende des ersten Teils ist der Planet Arrakis Schauplatz eines brutalen Anschlags – die Folge einer Intrige zwischen dem Imperator des Universums Shaddam IV (Christopher Walken) und dem Volk der Harkonnen. Der Angriff richtete sich spezifisch gegen das Haus Atreides, das nach Arrakis gekommen war, um das dort in der Luft liegende Spice zu ernten und darüber hinaus friedlich zu herrschen. Bei der gewalttätigen Auseinandersetzung starb das Familienoberhaupt (Oscar Isaac), sein Sohn Paul Atreides (Timothée Chalamet) und seine Mutter Jessica (Rebecca Ferguson) konnten fliehen und fanden Unterschlupf bei den Fremen, den Einheimischen von Arrakis. Während sich Paul in ihre Kultur eingliedern und das Überleben in der Wüste lernen will, halten die Fremen ihn für den prophezeiten Lisan al Gaib, einen Messias, der die Fremen ins Paradies führen soll. Nur die junge Kriegerin Chani (Zendaya) zweifelt an dem antiken Glauben und sieht in Paul einen aufrichtigen Verbündeten, in den sie sich schon bald verliebt. Das Spice verstärkt Pauls seherische Fähigkeiten jedoch immer mehr und in seinen Visionen zeichnet sich ein bevorstehender Krieg mit den Harkonnen und dem Imperator ab. An Paul und den Fremen hängt das Schicksal des Universums.